色谱柱的正确运用和维护十分重要，稍有不当心就会下降柱效、缩短运用寿数乃至损坏。在色谱操作过程中，需求留意下列问题，以维护色谱柱。
1、避免压力和温度的急剧改动及任何机械轰动。温度的忽然改动或许使色谱柱从高处掉下都会影响柱内的填充状况;柱压的忽然升高或下降也会激动柱内填料，因此在调理流速时应该缓慢进行，在阀进样时阀的滚动不能过缓(如前所述)。
2、应逐步改动溶剂的组成，特别是反相色谱中，不该直接从有机溶剂改动为全部是水，反之亦然。
3、一般说来色谱柱不能反冲，只要生产者指明该柱能够反冲时，才能够反冲除掉留在柱头的杂质。不然反冲会敏捷下降柱效。
4、挑选运用适合的活动相(尤其是pH)，以避免固定相被损坏。有时能够在进样器前面衔接一预柱， 剖析柱是键合硅胶时，预柱为硅胶，可使活动相在进入剖析柱之前预先被硅胶饱满，避免剖析柱中的硅胶基质被溶解。
5、常常用强溶剂冲刷色谱柱，铲除保存在柱内的杂质。在进行清洗时，对流路体系中活动相的置换应以相混溶的溶剂逐步过渡，每种活动相的体积应是柱体积的20倍左右。下面罗列一些色谱柱的清洗溶剂及次序，作为参阅：
硅胶柱以正已烷(或庚烷)、二氯甲烷和甲醇顺次冲刷，然后再以相反次序顺次冲刷，一切溶剂都必须严厉脱水。甲醇能洗去残留的强极性杂质，已烷使硅胶外表从头活化。反相柱以水、甲醇、乙腈、一氯甲烷(或氯仿)顺次冲刷，再以相反次序顺次冲刷。假如下一步剖析用的活动相不含缓冲液，那么能够省掉最终用水冲刷这一步。四氢呋喃与乙腈或甲醇的混合溶液能除掉类脂。有时也打针二甲亚砜数次。此外，用乙腈、丙酮和三氟醋酸(0.1%)梯度洗脱能除掉蛋白质污染。阳离子交流柱可用稀酸缓冲液冲刷，阴离子交流柱可用稀碱缓冲液冲刷，除掉交流功能强的盐，然后用水、甲醇、二氯甲烷(除掉吸附在固定相外表的有机物)、甲醇、水顺次冲刷。
6、保存色谱柱时应将柱内充溢乙腈或甲醇，柱接头要拧紧，避免溶剂蒸发枯燥。肯定制止将缓冲溶液留在柱内静置过夜或更长时刻。
7、色谱柱运用过程中，假如压力升高，一种或许是烧结滤片被阻塞，这时应替换滤片或将其取出进行清洗;另一种或许是大分子进入柱内，使柱头被污染;假如柱效下降或色谱峰变形，则或许柱头呈现陷落，死体积增大。在后两种状况产生时，当心拧开柱接头，用洁净小钢将柱头填料取出1-2mm高度(留意把被污染填料取净)再把柱内填料整平。然后用恰当溶剂湿润的固定相(与柱内相同)填满色谱柱，压平，再拧紧柱接头。这样处理后柱效能得到改进，可是很难康复到新柱的水平。柱子失效一般是柱端部分，在剖析柱前装一根与剖析柱相同固定相的短柱(5-30mm)，能够起到维护、延伸柱寿数的效果。选用维护柱会丢失必定的柱效，这是值得的。一般色谱柱寿数在正确运用时可达2年以上。以硅胶为基质的填料，只能在pH2-9范围内运用。柱子运用一段时刻后，或许有一些吸附效果强的物质保存于柱顶，特别是一些有色物质更易看清被吸着在柱顶的填料上。
8、新的色谱柱在运用一段时刻后柱顶填料或许陷落，使柱效下降，这时也可补加填料使柱效康复。每次作业完后，最好用洗脱能力强的洗脱液冲刷，例如ODS柱宜用甲醇冲刷至基线平衡。当选用盐缓冲溶液作活动相时，运用完后运用无盐活动相冲刷。含卤族元素(氟、氯、溴)的化合物或许会腐蚀不锈钢管道，不宜长时间与之触摸。装在HPLC仪上柱子如不常常运用，应每隔4-5天开机冲刷15分钟。
