1.支撑多种硬件渠道
因为嵌入式设备硬件渠道的多样性，CPU芯片的快速更新，嵌入式操作体系要求支撑常用的嵌入式CPU，如X86, ARM, MIPS, POWERPC等，并具有杰出的可移植性。别的还需求支撑品种繁复的外部设备。Linux支撑以上简直一切的干流芯片，而且还在不断的被移植到新的芯片上。而在这方面，WinCE显着差得很远。
2.占有较少的硬件资源
因为大都嵌入式体系具有本钱敏感性，处理器速度较低 ，存储器空间较少，这要求嵌入式OS体积小，速度快。Linux体系结构比较灵敏，易于削减，能够小到2M flash，4M RAM。而WinCE对资源的要求更高。
3.高可定制性
因为不同的嵌入式运用对体系要求各不相同，这要求嵌入式OS具有高可定制性，能够根据需求便利的添加和削减各项功用模块。这一点关于嵌入式范畴至关重要，而Linux因为图形体系不在内核中，且支撑模块机制，内核可根据需求参加或去掉功用。其外围东西具有许多挑选，更因为能够自在修正源代码，具有极强的可定制性。而WinCE/Windows底子无法做到这一点。
4.具有实时处理才能
实时运用分为结实时和软实时两大类，嵌入式OS需求清晰是否支撑实时和支撑哪一类实时运用，需求供给最坏状况呼应时刻为多长。Linux和WinCE/Windows开始规划时都没有考虑实时运用，但许多的实时Linux项目已使Linux具有了结实时和软实时处理才能，结实时有RT-Linux和RTAI，而2.6中参加了可抢占中心，使得Linux具有了软实时处理才能，此外还有Timsys和Montavista等实时Linux完成。Linux自在开发形式的长处得到了充沛的表现。Windows尽管也有第三方供给类似于RT-linux的实时功用，但因为微软未供给这方面的支撑，也因为Windows牢靠性不能满意要求，很少有人在实时范畴运用Windows。但RT-linux已经在美国航天部分，印度军方等得到了广泛运用。还有Montavista,Timsys的实时Linux都有许多成功事例。
5.具有强壮的网络功用
现在，越来越多的嵌入式设备需求具有网络功用。这要求嵌入式OS支撑常用的网络协议和牢靠的网络功用。Linux的网络功用经过几回改善，其功率，功用都很杰出。且具有许多的网络东西，支撑简直一切常见的网络协议。这些使得Linux在网络设备中倍受青睐，许多防火墙，低端路由器等中运用的都是Linux。而未闻WinCE/windows在这方面有什么运用。
6.高安全性和高牢靠性
嵌入式设备往往对安全性和牢靠性要求很高，这要求作为基础软件的嵌入式OS具有高安全性和高牢靠性。如骨干网的路由器，交换机等。Linux的牢靠性是经过实践查验的，并进一步向高端开展，冲击Vxworks, Unix的商场。安全性方面Linux病毒很少，并具有许多安全增强，有的安全增强Linux到达了B1等级(红旗RFSOS经过了国家GB17859第三级，等同于TCSEC B1级)。而Windows病毒许多，缝隙不断，尽管微软大力宣扬其经过了CC规范EAL4级，可是需求阐明的是，EAL4只是阐明Windows在多大程度上满意了它的安全方针，显着更为重要的是这个方针是什么，事实上，它经过的是CAPP的EAL4级，依然相当于TCSEC C2级，Win2000的牢靠性比起98等来说有了显着提高，但尚不足以向高端冲击，其安全性问题也会大大影响它的牢靠性，这二者是紧密联系的，不能孤立评论。
7.具有完善的嵌入式GUI和嵌入式浏览器
面向用户的嵌入式终端设备如Smart Phone等，都要求嵌入式OS具有功用完善，控件丰厚的嵌入式GUI，并支撑功用强壮的嵌入式浏览器。在这方面WinCE有完善的解决方案，Linux也有QT/Embedded等GUI，Opera等嵌入式浏览器，具有许多的挑选。
8.完成嵌入式日志文件体系，具有断电维护才能。
这些功用Linux和Windows都能到达。
9.能够供给完善的开发东西集。
Linux下的开发东西许多，但不如Windows开发东西易用。不过Windows的开发东西不是为嵌入式范畴规划的，功用也不完善。
10.能够快速发动
发动速度二者差不多，但许多嵌入式设备并不需求图形界面，且因为Linux有源代码，在硬件固定的状况下能够加快发动，这时Linux就比WinCE/Windows发动快多了。
经过以上剖析，能够很清楚地看到，整体比较而言，在嵌入式范畴Linux比WinCE/Windows具有显着优势。正因为如此，嵌入式Linux比WinCE/Windows运用范畴要广泛的多。WinCE的优势在于PC衍生产品，如Pocket PC，高端PDA等。但在其他许多的嵌入式范畴中，WinCE就并不合适了。
假如是为了学习，好玩，我挑选linux。假如我周围有一个开发团队，挑选linux。
假如我是孤军独战或是人员有限，能尽快地开发产品，挑选winCE。
