目录树能够分为小的部分，每个部分能够在自己的磁盘或分区上。首要部分是根、/usr 、/var 和 /home 文件体系。每个部分有不同的意图。
每台机器都有根文件体系，它包括体系引导和使其他文件体系得以 mount 所必要的文件，根文件体系应该有单用户状况一切必要的满足的内容。还应该包括修正损坏体系、康复备份等的东西。
/usr 文件体系包括一切指令、库、man 页和其他一般操作中所需的不改动的文件。 /usr 不该该有一般运用中要修正的文件。这样答应此文件体系中的文件经过网络同享，这样能够更有用，由于这样节省了磁盘空间(/usr 很简单是数百兆)，且易于办理(当晋级应用时，只有主/usr 需求改动，而无须改动每台机器) 即便此文件体系在本地盘上，也能够只读 mount，以削减体系溃散时文件体系的损坏。
/var 文件体系包括会改动的文件，比方 spool 目录(mail、news、打印机等用的)， log文件、formatted manual pages 和暂存文件。传统上/var 的一切东西曾在 /usr 下的某个当地，但这样/usr 就不或许只读装置了。
/home 文件体系包括用户家目录，即体系上的一切实践数据。一个大的/home 或许要分为若干文件体系，需求在/home 下加一级名字，如/home/students 、/home/staff 等。
尽管上面将不同的部分称为文件体系，但它们不必是真的别离的文件体系。假如体系是小的单用户体系，而用户期望简单化，能够很简单地放在一个文件体系中。依据磁盘容量和不同意图所需分配的空间，目录树也能够分到不同的文件体系中。重要的是运用规范的名字，即便/var 和/usr 在同一分区上，名字/usr/lib/libc.a 和/var/adm/messages 有必要能作业，例如将/var 下的文件移动到/usr/var ，并将/var 作为/usr/var 的符号衔接。
Unix 文件结构依据意图来分组文件，即一切的指令在一个当地，一切的数据在另一个当地，一切的文档又在一个当地，等等。另一个办法是依据归于的程序分组文件，即一切 Emacs 文件在一个目录中，一切TeX文件在另一个中，等等。后一种办法的问题是文件难于同享(程序目录常常一起包括静态可同享的和动态不行同享的文件)，有时难于查找 (例如 man 页在极大数量的当地，使 man 程序查找它们极端困难)。
根文件体系
根文件体系一般应该比较小，由于包括严厉的文件和一个小的不常常改动的文件体系不简单损坏。损坏的根文件体系一般意味着除非用特定的办法(例如从软盘)体系无法引导。
根目录一般不含任何文件，除了或许的规范的体系引导映象，一般叫/vmlinuz 。一切其他文件在根文件体系的子目录中。
/bin
引导发动所需的指令或普通用户或许用的指令(或许在引导发动后)。
/sbin
相似/bin ，但不给普通用户运用，尽管假如必要且答应时能够运用。
/etc
特定机器的配置文件。
/root
root用户的家目录。
/lib
根文件体系上的程序所需的同享库。
/lib/modules
中心可加载模块，特别是那些康复损坏体系时引导所需的(例如网络和文件体系驱动)。
/dev
设备文件。
/tmp
暂时文件。引导发动后运转的程序应该运用/var/tmp ，而不是/tmp ，由于前者或许在一个具有更多空间的磁盘上。
/boot
引导加载器(bootstrap loader)运用的文件，如LILO。中心映象也常常在这里，而不是在根目录。假如有许多中心映象，这个目录或许变得很大，这时或许运用独自的文件体系更好。另一个理由是要保证中心映象有必要在IDE硬盘的前1024柱面内。
/mnt
体系办理员暂时 mount 的安点缀。程序并不主动支撑装置到/mnt 。 /mnt 能够分为子目录(例如/mnt/dosa 或许是运用 MSDOS 文件体系的软驱，而/mnt/exta 或许是运用 ext2 文件体系的软驱)。
/proc , /usr , /var , /home
其他文件体系的安点缀。
/etc目录
/etc 目录包括许多文件。许多网络配置文件也在/etc 中。
/etc/rc or /etc/rc.d or /etc/rc*.d
发动、或改动运转级时运转的scripts或scripts的目录。
/etc/passwd
用户数据库，其间的域给出了用户名、实在名字、家目录、加密的口令和用户的其他信息。
/etc/fdprm
软盘参数表。阐明不同的软盘格局。用setfdprm 设置。
/etc/fstab
发动时 mount -a 指令(在/etc/rc 或等效的发动文件中)主动 mount 的文件体系列表。 Linux 下，也包括用 swapon -a 启用的 swap 区的信息。
/etc/group
相似/etc/passwd ，但阐明的不是用户而是组。
/etc/inittab
init 的配置文件。
/etc/issue
getty 在登录提示符前的输出信息。一般包括体系的一段短阐明或欢迎信息。内容由体系办理员承认。
/etc/magic
file 的配置文件。包括不同文件格局的阐明，file 根据它猜想文件类型。
/etc/motd
Message Of The Day，成功登录后主动输出。内容由体系办理员承认。常常用于布告信息，如方案关机时刻的正告。
/etc/mtab
当时装置的文件体系列表。由 scripts 初始化，并由 mount 指令主动更新。需求一个当时装置的文件体系的列表时运用，例如 df 指令。
/etc/shadow
在装置了影子口令软件的体系上的影子口令文件。影子口令文件将/etc/passwd 文件中的加密口令移动到/etc/shadow 中，而后者只对 root 可读。这使破译口令更困难。
/etc/login.defs
login 指令的配置文件。
/etc/printcap
相似/etc/termcap ，但针对打印机。语法不同。
/etc/profile , /etc/csh.login , /etc/csh.cshrc
登录或发动时 Bourne 或 C shells 履行的文件。这答应体系办理员为一切用户树立大局缺省环境。
/etc/securetty
承认安全终端，即哪个终端答应 root 登录。一般只列出虚拟控制台，这样就不或许(至少很困难)经过 modem 或网络闯入体系并得到超级用户特权。
/etc/shells
列出可信任的 shell。chsh 指令答应用户在本文件指定范围内改动登录shell。供给一台机器FTP服务的服务进程 ftpd 查看用户 shell 是否列在 /etc/shells 文件中，假如不是将不答应该用户登录。
