纯的生物分子如酶、抗体等能为各种生物传感器供给辨认元件，虽然这些提纯的生物分子具有高的反响活性，但它们一般贵重且安稳性差。因而，在环境监测生物传感器中，一般将整个微生物细胞如细菌、酵母、真菌用做辨认元件。这些微生物一般从活性泥状沉积物、河水、瓦砾和土壤中别离出来。使用微生物的推陈出新机能开展的微生物传感器可进行污染物的检定和剖析。
（1）BOD微生物传感器生化需氧量（BOD）的测定是微生物传感器的一个典型使用。传统办法测BOD需求5天，并且操作杂乱，BOD微生物传感器只需求15分钟就能测出成果。该传感器由氧电极和微生物固定膜组成（使用的微生物有假单胞菌、反常汉逊酵母、活性淤泥菌、丝孢酵母菌、枯草芽孢杆菌等）。当参加有机物（如葡萄糖）时，固定化的微生物分化有机物，致使微生物呼吸效果添加，然后导致溶解氧削减，因而使氧电极电流呼应下降，直到被测溶液向固化微生物膜分散的氧量与微生物呼吸耗费的氧量之间到达平衡，便得到相应的安稳电流值。
（2）藻类污染的监洲赤潮水域一些小浮游生物暴发性繁衍引起水色反常的现象称为赤潮，首要发生在近海海域。赤潮使水域的生态系统遭到严重破坏。对引起赤潮的浮游生物的监测已成为一个重要课题。一种名叫查顿埃勒（chattonclla）的浮游生物是引起赤潮的重要物种，国外已研究出监测这种浮游生物的生物传感器。原理为检测这种生物或共代谢产品发生的化学发光。此外，勘探其他引起赤潮的藻类生物传感器也得到开展。如监测蓝藻菌的生物传感器的效果机理是：这种藻类细胞存在一种藻青索，它能宣布一种共同的荧光光谱，经过丈量这种荧光可进行有用监测。
（3）硫化物微生物传感器常用于硫化物的测定办法为分光光度法和碘量法，前者显色条件不易控制、操作繁琐；后者试剂耗费量大、本钱高。微生物传感器法是一种设备简略、操作简洁、本钱低的新办法。硫化物微生物传感器的制备进程：从硫铁矿邻近酸性土壤中别离挑选的一株专一性好、自养、好氧的氧化硫硫杆菌，将适量菌体央于两片乙酸纤维素膜之间、制成夹层式微生物膜；将氧电极的内腔注满电解液，在金阴极外表掩盖聚四氟乙烯薄膜，再将夹层膜紧贴在聚四氟乙烯膜上，制成硫化物微生物传感器。
